NPOの所轄庁としましては、原則としては事務所が所在する都道府県知事ですが、もし2以上の都道府県に事務所があれば内閣総理大臣が所轄庁となります。
構成員としましては、株式会社は1人以上の株主であればいいのに対して、NPOの場合、10人以上の社員が必要となります。
役員についても3人以上の理事と1人以上の監事を置かなければいけません。そして、監事は、理事またはそのNPOの職員を兼任してはならないとされています。

役員の選任方法として、法律に規定がないため、定款で決めることになります。(※株式会社では取締役は株主総会で選任すると法律で決められています。)
定款で理事長を理事の互選によって選任するとあると互選書が必要となりますが、理事会議事録の内容が理事の互選を証するものであれば、理事会議事録でも使用できます。

そして、議事録に就任を承諾したと記載されていれば、就任承諾書を付けなくても登記はできます。

理事の任期は、2年以内において定款で定める期間とされていまして、再任を妨げないとされています。

代表理事を再任するには、前提資格として理事として再任されるため、理事会議事録(もしくは社員総会議事録:定款による)にて再任と就任承諾の援用も議事録に記載しておくといいです。
そして、代表理事が再任するのであれば理事の互選書もしくは理事会議事録(理事の互選の実質を有する)を添付して届出印を押していれば、他の理事は認印でも大丈夫です。この場合、印鑑証明も付けなくていいということになります。
理事会議事録と互選書を兼ねていれば、議長及び議事録署名者の署名押印で済むということになります。