特例有限会社では、監査役は任意に設置することができ、設置するとなると定款の定めが必要となります。

しかし、株式会社と異なり監査役設置会社である旨の登記は登記事項とされていませんので、監査役設置会社の登記は必要ありません。特例有限会社では、取締役会を設置したり、会計参与、会計監査人を設置したりできないとされています。

また、監査役を置く旨の定めのある特例有限会社では、監査役の監査の範囲は会計に関するものに限定されます。

なお、株式会社では監査役に任期の規定があり、選任後４年以内に終了する事業年度のうち最終のものに関する定時株主総会の終結時に任期満了します。また、公開会社でない株式会社では、定款で選任後１０年以内に終了する事業年度のうち最終のものに関する定時株主総会の終結の時まで任期を伸長できます。

株式会社に対して、特例有限会社では任期がありませんが、定款に定めがあるときは、任期満了も監査役の退任事由となります。他には辞任、死亡、解任、欠格事由の発生なども退任事由です。

解散の場合ですが、取締役と代表取締役は退任しますが、特例有限会社の監査役は解散しても当然には退任しません。

また、監査役には兼任に制限がありますので、注意が必要です。例えば、当該特例有限会社の取締役、支配人、その他の使用人。当該特例有限会社の子会社の取締役、支配人、その他の使用人、会計参与（会計参与が法人であるときは、その職務を行うべき社員）、執行役です。ですから、その会社の従業員を監査役と兼務させることはできません。

特例有限会社では、監査役を何人置くかは定款にて定めることが一般的ですが、定款にその規定がないのであれば株主総会決議によって決めます。

特例有限会社にて、監査役を置かないとする場合、定款の定めを変更する必要があります。

もし、監査役の辞任とともに監査役を廃止するのであれば、定款の規定も変更するため、株主総会決議が必要となります。株式会社と異なり、監査役設置会社の旨は登記事項でないため、別途、登録免許税が３万円必要になるということはありません。

これが、株式会社の取締役会設置会社で監査役を置かないとするのであれば、取締役会設置会社の定め廃止（３万円）と監査役設置会社定めの廃止（３万円）、監査役の退任登記（３万円：資本金１億円以下で１万円）、また譲渡制限株式の承認機関が取締役会となっていればその定款変更が必要となってきますので注意が必要です。

また、株主総会決議を行うのであれば株主リストを登記の申請の際に添付します。
定款変更であれば、特例有限会社の株主総会特別決議は、総株主の半数以上であって、総株主の議決権の４分の３以上の賛成が必要となります。